Огромный метеорит врывается в небо, рассекая ночную тишину, и приносит с собой ужасное создание — трёхголового дракона, названного Королём Гидраном. Его присутствие ощущается ещё до того, как первые головы взревут: земля дрожит, волны отдачи сотрясают прибрежные города, а свет от падения метеорита заливает всё вокруг ненормальным желтоватым свечением. Одновременно из глубин и древних пещер пробуждаются два титана — Годзилла и Родан, веками томившиеся в покое. Оба пробуждения влекут за собой хаос: гиганты, залитые боевыми инстинктами, топчут японские войска и разрушенные поселения, сметают технику и постройки. Враг не разбирает ни друзей, ни врагов людей — для армии, поставленной против чудовищного вторжения, наступает катастрофа.
Поначалу столкновение титанов превращается в бессмысленную кровавую вязь: Годзилла и Родан, ревя и гремя, обращают друг друга в цель для своих разрушительных атак, и городские улицы становятся ареной их ожесточённого противостояния. В воздухе витает запах дыма, ища какой-то спасительный ответ, появляется Мотра — гигантская бабочка с разумом, сильным сердцем и тяжёлой ношей ответственности. Она летит между гигантами, её крылья мерцают, и слова убеждения, казалось бы, слышатся в её трепете.
Мотра добивается того, чего не могли сделать люди: она унимает распаляющиеся эмоции двух титанов, показывает истинного врага и убеждает Годзиллу и Родана прекратить безнадежную вражду. Помирившись, они собирают силы, готовые объединиться против инопланетного Короля Гидрана, направив свой гнев и мощь на защиту Земли.